Η σύσταση και λειτουργία του λαμπρού από κάθε άποψη Μουσείου της Ιεράς Μονής Κύκκου θα ήταν κολοβή, εάν το επιστημονικό αυτό ίδρυμα δεν υπεστηρίζετο και με τη δημιουργία εργαστηρίων συντηρήσεως έργων τέχνης. Το έργο με γοργούς ρυθμούς ολοκληρώθηκε το 1999. Έτσι, παρά τη Λευκωσία, στο παλαιό αγροτικό μετόχι της Ιεράς Μονής Κύκκου, Αρχάγγγελος, στεγάζονται σήμερα σε ανεξάρτητο οικοδόμημα τα Εργαστήρια Συντηρήσεως του Μουσείου της Ιεράς Μονής Κύκκου, ο κρυφός πνεύμονας του εκθεσιακού χώρου του Μουσείου. Πρόκειται για σύγχρονο κτήριο εκτάσεως 1200 τετραγωνικών μέτρων, το οποίο οικοδομήθηκε εξ αρχής με εργαστηριακές προδιαγραφές. Στις ευρύχωρες αίθουσές του, οι οποίες καλύπτονται από συστήματα ασφάλειας, φιλοξενούνται πέντε εξειδικευμένα τμήματα συντηρήσεως: α) Εικόνων, β) Χαρτιού, γ) Υφασμάτων, δ) Ξύλου και ε) Μετάλλων.Βασικά στοιχεία υποστήριξης των εργαστηριακών χώρων είναι, το Φωτογραφικό Εργαστήριο για εικονιστική τεκμηρίωση των διαφόρων φάσεων της συντήρησης κάθε αντικειμένου, το Αρχείο-Ευρετήριο Συλλογών, η γραμματεία, οι αποθηκευτικοί και οι κοινόχρηστοι χώροι.
Τελευταίου τύπου μηχανήματα και εργαλεία, τα οποία εισήχθησαν ειδικά προς τούτο από ευρωπαϊκές χώρες, όπως, μηχανή απεντόμωσης με άζωτο, στερεομικροσκόπιο, απορροφητικό τραπέζι, μηχανή κενού αέρος, ψηφιακοί κλίβανοι ακριβείας, οπτοηλεκτρονικό σύστημα (laser), παντογράφος, πρέσες, αποστακτήρες, μηχανές ύγρανσης και άλλα γεμίζουν τους άνετους χώρους και υποβοηθούν το προσωπικό στην πληρέστερη επιτέλεση των εργασιών του. Αυτό όμως που δίνει πραγματικά ζωντάνια στον χώρο είναι το ανθρώπινο προσωπικό, το οποίο με ιδιαίτερη αγάπη και αφοσίωση σκύβει ατέλειωτες ώρες πάνω στα έργα τέχνης, εμφυσώντας τους πνοή ζωής, ώστε να αποκτήσουν μέλλον, αντιστεκόμενα στον πανδαμάτορα χρόνο. Πρόκειται για ομάδα δεκατεσσάρων ατόμων, οι πλείστοι των οποίων είναι νέοι επιστήμονες με ζηλευτές σπουδές σε σχολές και πανεπιστήμια της Ευρώπης και της Αμερικής, (Ελλάδα, Ιταλία, Αγγλία, Ηνωμένες Πολιτείες Αμερικής), των οποίων οι γνώσεις, πέραν της συντήρησης, επεκτείνονται στην ιστορία, αρχαιολογία και ιστορία της τέχνης. Μερικοί απ’ αυτούς σπούδασαν με υποτροφίες της Ιεράς Μονής Κύκκου. Η συνεχής επιμόρφωση και ενημέρωση του προσωπικού πάνω στις νέες επιστημονικές εξελίξεις είναι από τις βασικές προτεραιότητες του Μουσείου. Οι συχνές μετεκπαιδεύσεις, η συμμετοχή σε εξειδικευμένα συνέδρια, η εγγραφή σε διεθνείς οργανώσεις και επιστημονικά περιοδικά συντήρησης, συμβάλλουν στην πληρέστερη ενημέρωση και αναβάθμιση του προσωπικού. Όταν οι ανάγκες το απαιτούν, έκτακτο προσωπικό ενισχύει τις τάξεις του υφιστάμενου, όπως συνέβη στην περίπτωση της συντήρησης της ερειπωμένης μονής του 16ου αιώνα, της Παναγίας του Σίντη στην Πάφο, μετοχίου της Μονής Κύκκου, η οποία βραβεύτηκε από την Εουρώπα Νόστρα για την επιτυχή συντήρησή της.
Βασική φιλοσοφία, που διέπει όλα τα τμήματα του εργαστηρίου, είναι η όσο το δυνατό λιγότερη επέμβαση στα υπό συντήρηση αντικείμενα, ώστε να μην αλλοιώνεται ο αυθεντικός τους χαρακτήρας, ενώ τα χρησιμοποιούμενα υλικά είναι ανά πάσα στιγμή αναστρέψιμα. Κάθε αντικείμενο από την είσοδό του στο εργαστήριο μέχρι την ολοκλήρωση της συνήρησής του συνοδεύεται από λεπτομερή γραπτή και φωτογραφική τεκμηρίωση των διαφόρων φάσεων της συντήρησης. Τα στοιχεία αυτά στη συνέχεια καταχωρούνται σε ηλεκτρονικούς υπολογιστές, ώστε ανά πάσα στιγμή να είναι στη διάθεση των ερευνητών, καθώς και των μελλοντικών συντηρητών. Στην πορεία των εργασιών συντήρησης, όπου απαιτούνται εξειδικευμένες αναλύσεις για επίλυση προβλημάτων, όσες δεν μπορούν να γίνουν στους δικούς μας χώρους, αποστέλλονται σε εργαστήρια του εξωτερικού.
Ως μη κερδοσκοπικός οργανισμός, τα εργαστήρια συντηρήσεως του Μουσείου Κύκκου, πέραν της συντήρησης των ποικίλων έργων τέχνης τα οποία βρίσκονται στην κατοχή της Μονής Κύκκου, συντηρούν σε συγκαταβατικές τιμές αντικείμενα των δημόσιων και ημικρατικών οργανισμών, της Αρχιεπισκοπής, των μητροπόλεων, των ναών των χωριών καθώς και ιδιωτών. Η δημιουργία σύγχρονων εργαστηρίων συντήρησης έργων τέχνης ήταν επιτακτική ανάγκη του τόπου. Ενώ ήταν υποχρέωση άλλων φορέων να την υλοποιήσουν, για ακόμη μια φορά το κενό αυτό το κάλυψε η Εκκλησία διά μέσου της γεραράς Ιεράς Βασιλικής και Σταυροπηγιακής Μονής της Παναγίας του Κύκκου, με τα 900 τόσα χρόνια ζωής, χωρίς να φεισθεί κόπων και εξόδων. Το έργο αυτό άνοιξε νέους πρωτοπόρους δρόμους για τη διατήρηση των πολιτιστικών θησαυρών της πολύπαθου νήσου Κύπρου. Επάξια ο Δήμαρχος Αθηναίων τίμησε πρόσφατα τον ηγούμενο της Μονής Νικηφόρο (νυν Μητροπολίτη Κύκκου και Τηλλυρίας) με το χρυσό μετάλλιο της πόλης των Αθηνών για την προσφορά του στον πολιτισμό.