Το εργαστήριο ξυλογλύπτων ξεκίνησε τη λειτουργία του τον Ιούνιο του 2000.Το εργαστήριο απασχολείται με τη συντήρηση και διατήρηση ξυλόγλυπτων αντικειμένων, είτε εκκλησιαστικών κειμηλίων, όπως εικονοστάσια, θρόνοι, προσκυνητάρια, ξύλινα αναλόγια ή άλλων ξύλινων αντικειμένων, που αποτελούν μέρος εκκλησιαστικής επίπλωσης. Επιπλέον, το εργαστήριο συντηρεί αντικείμενα Κυπριακής Λαϊκής Τέχνης, όπως ερμάρια, μπαούλα, σουβάντζες, τοιχάρμαρα, καθώς και παλαιά έπιπλα Ευρωπαϊκής τεχνοτροπίας και προελεύσεως, συμβάλλοντας έτσι στη διατήρηση και διαφύλαξη της πολιτιστικής μας κληρονομιάς αλλά και στην μελέτη και καταγραφή στοιχείων τέχνης και τεχνοτροπιών άλλων χωρών.Το εργαστήριο είναι άρτια εξοπλισμένο ξεκινώντας από την πιο μικρή ηλεκτρική συσκευή στερέωσης ζωγραφικής επιφάνειας και φθάνοντας μέχρι και στη συσκευή οπτοηλεκτρονικής (laser) που χρησιμοποιείται για τον καθαρισμό των επιφανειών των ξυλογλύπτων.Το 2002 τα εργαστήρια ξυλογλύπτων έχουν επεκταθεί προσθέτοντας ακόμα ένα δωμάτιο εξωτερικά του κυρίως κτιρίου το οποίο στεγάζει ένα μεγάλο αριθμό μηχανημάτων ξυλουργικής και ξυλογλυπτικής. Ως επακόλουθο, το εργαστήριο απασχολείται και με την κατασκευή καινούργιων ξυλόγλυπτων κομματιών, καθώς και με την επιχρύσωση, την παλαίωση του χρυσού, αλλά και με την ανακατασκευή κομματιών, τα οποία λείπουν ή έχουν καταστραφεί από τα παλαιά έργα που συντηρούνται.
Πολλές από τις εργασίες γίνονται και εκτός των εργαστηρίων μέσα σε ναούς ή άλλους χώρους, αναλόγως της περίστασης.
Επιπλέον, το εργαστήριο ξυλογλύπτων ασχολείται και με τη συντήρηση παλαιών κορνίζων επιχρυσωμένων και μη, με κορνίζες και καθρέφτες με χρώματα, καθώς επίσης και με τη συντήρηση πινάκων πάνω σε καμβά από συλλογές του Μοναστηριού ή από ιδιωτικές συλλογές.